首先，以上方案采用声光调制器或电光调制器对脉冲种子光的时域波形进行预补偿，以消除脉冲在放大过程中产生的畸变，获得目标波形的脉冲，其所用的预补偿信号需要根据目标脉冲的时域波形、放大器的增益特性、脉冲种子光的时域特性等因素计算获得，因此对于每一种特定时域波形的脉冲激光，需要首先计算脉冲预补偿信号的时域波形，并且还需要根据激光器参数对预补偿信号进行修正，这一过程极为繁琐，因此采用以上方案难以实现任意时域波形的脉冲激光输出。

　　其次，声光调制器和电光调制器会引入较大的损耗，导致脉冲种子光经过声光调制器或电光调制器后功率下降，若要获得高功率脉冲激光输出，需要加入多级预放大器，这增加了系统结构的复杂性。

　　由于声光调制器和电光调制器的最大可承受功率在10w左右，不能直接裁剪主放大器最终输出的信号光时域波形，只能对进入光学放大器的种子光进行补偿。

　　当输出功率提升时，光学放大器的增益比例会进一步变大，导致脉冲波形畸变增强，预补偿效果会下降，因此通常这种情况只能实现数百瓦级平均功率的脉冲时域波形整形。