燃料电池按其工作温度是不同,把碱性燃料电池（AFC,工作温度为100℃）、固体高分子型质子膜燃料电池（PEMFC,也称为质子膜燃料电池,工作温度为100℃以内）和磷酸型燃料电池（PAFC,工作温度为200℃）称为低温燃料电池；把熔融碳酸盐型燃料电池（MCFC,工作温度为650℃）和固体氧化型燃料电池（SOFC,工作温度为1000℃）称为高温燃料电池,并且高温燃料电池又被称为面向高质量排气而进行联合开发的燃料电池.另一种分类是按其开发早晚顺序进行的,把PAFC称为第一代燃料电池,把MCFC称为第二代燃料电池,把SOFC称为第三代燃料电池.这些电池均需用可燃气体作为其发电用的燃料.