包括光学显微镜、电子显微镜、原子力显微镜等。其中，光学显微镜是最常用的显微镜之一，它利用透镜和物镜将样品中的光线聚集在成像平面上，从而放大和观察样品。电子显微镜则是利用电子束代替光线来观察样品，因为电子的波长比光线短得多，所以电子显微镜具有更高的分辨率。原子力显微镜则是利用探针探测样品表面微小的力信号，通过计算机处理形成图像，由于其具有非常高的能量分较，所以可以观测到几乎所有材料的表面形态和结构。总体来说，多种多样，不同类型的显微镜在使用场景和应用上都有所差别。

　　光学显微镜：利用透射光的原理，通过物镜、目镜等多个光学元件对样品进行放大观察。一般适用于对生物、材料等光学透明样品的观察。

　　电子显微镜：利用电子束的原理，通过对样品进行扫描或透射来观察其形态和结构。电子显微镜分为扫描电子显微镜（SEM）和透射电子显微镜（TEM）两种主要类型。

　　激光共焦显微镜：利用激光束在样品上进行扫描，通过对样品反射或荧光产生的信号进行成像。适用于对非透明或厚度较大的样品进行观察。

　　原子力显微镜：利用扫描探针对样品表面进行扫描，通过检测探针与样品表面之间的相互作用力来获得样品表面信息，适用于对材料、生物等样品表面的形态和结构进行观察。

　　荧光显微镜：利用激发荧光染料所产生的发光来观察样品中特定化学物品，常用于生物、细胞学等领域。

　　偏光显微镜：利用偏振器、旋转偏光片等光学元件对样品中的偏光现象进行观察和分析，适用于矿物学、晶体学等领域。

　　显微镜以显微原理进行分类可分为偏光显微镜、光学显微镜与电子显微镜和数码显微镜。

　　1、偏光显微镜（Polarizing microscope）是用于研究所谓透明与不透明各向异性材料的一种显微镜，在地质学等理工科专业中有重要应用。

　　2、电子显微镜常用于生物、医药及微小粒子的观测。电子显微镜可把物体放大到200万倍。

　　3、扫描隧道显微镜亦称为“扫描穿隧式显微镜”、“隧道扫描显微镜”，是一种利用量子理论中的隧道效应探测物质表面结构的仪器。

　　常用的显微镜有以下几种：

　　1.普通光学显微镜：普通光学显微镜通常以自然光或灯光为光源，其波长约0.5μm.在最佳条件下，显微镜的最大分辨率为波长的一半，即0.25μm，而肉眼所能看到的最小形象为0.2mm，故在普通光学显微镜下用油镜放大1000倍，可将0.25μm的微粒放大到0.25mm，肉眼便可以看清，一般细菌大于0.25μm，故用普通光学显微镜均能清楚看到。

　　2.暗视野显微镜：暗视野显微镜是用特制的暗视野集光器代替普通光学显微镜上的明视野集光器，由于暗视野集光器的中央为不透光的遮光板，光线不能直接射入镜筒，故背景视野黑暗无光，而从集光器四周边缘斜射到标本部位的光线，经菌体散射后而进入物镜。故在强光的照射下，可以在黑暗的背景中看到发亮的菌体，犹如夜空中的明亮星星。明暗反差提高了观察的效果，多用于检查不染色的活细菌和螺旋体的形态及运动观察。

　　3.相差显微镜：在进行未染色标本检查时，由于细菌的折旋光性与周围环境的折旋光性相近，明暗对比不明显。在普通光学显微镜下不易看清，用暗视野显微镜只能看到发亮的菌体轮廓，看不清内部结构。而相差显微镜依据光波穿过标本中密度不同的部位时，引起光相差异的原理，利用相差板的光栅作用，改变直射光的光相和振幅，将光相的差异转换成光的强度的差异，使细菌中的某部分结构比其他部分深暗，衬托出鲜明的对比。本法主要用于检查不染色活细菌的形态及某些内部结构。

　　4.荧光显微镜：荧光显微镜以紫外光或蓝紫光为光源，能激发荧光物质发光使之成为可见光医学教育网搜集整理。细菌经荧光色素染色后，置于荧光显微镜下，即可激发荧光，因此在暗色的背景下可以看到发射荧光的细菌。由于紫外光与蓝紫光的波长较短（0.3～0.4μm），故分辨率得到进一步提高。荧光显微镜还广泛应用于免疫荧光技术中。

　　5.电子显微镜：电子显微镜以电子流代替光源，其波长极短（约为0.005nm），分辨能力大大提高，电磁圈代替普通显微镜的光学放大系统，放大倍数可达数万至数十万倍，能分辨lnm的物体，细菌的表面形态和内部超微结构均能清楚地显现。

　　显微镜主要分为光学显微镜和电子显微镜两种。其中，光学显微镜又可分为生物显微镜、普通显微镜、倒置显微镜、偏光显微镜、荧光显微镜等不同类型；电子显微镜则包括透射电子显微镜和扫描电子显微镜等。不同类型的显微镜在实际应用中有着各自的优缺点。